在動畫裡面，小智登場時是10歲的新人訓練家。而當小智從大木博士手上取得皮卡丘後，便離開了真新鎮，以神奇寶貝大師為目標，展開旅程。
在旅程的開端，有一個小智和皮卡丘的動人故事： 由於小智的皮卡丘不肯服從小智，小智惟有靠自己收服神奇寶貝，連續收服2隻失敗，就在小智以擲石作攻擊命中目標時，驚覺那不是波波，而是烈雀！小智及皮卡丘就此遭受襲擊。其間一個女子在釣魚期間拯救了他們，小智按她的指示，向常磐市衝去，但被烈雀群追上，此時皮卡丘已受重傷，為了救牠，小智犧牲自己，抵擋烈雀群。皮卡丘眼見小智捨身相救，終於明白小智對牠的愛護及好意，就在烈雀群即將擊中小智的千鈞一髮之際，牠衝到小智面前，並使出「十萬伏特」！ 終於成功把烈雀群趕走了，小智和皮卡丘亦終於成為好友。此時小智及皮卡丘遇見了一隻神秘的神奇寶貝(大木博士也不敢相信小智遇上牠)，是後來小智估計的鳳王(由於當時金銀版還未推出，因此其名字要在後期才能知道)。而鳳王只會出現在真心照顧神奇寶貝的人的眼前，事件亦描繪出小智對神奇寶貝們非常愛護：為了保護他的神奇寶貝，他可以連自己的性命也不顧。在旅程中，鳳王多次在小智面前出現。
之後小智和拯救他及皮卡丘的女子──小霞結伴同行，其後認識小剛，尼比市道館賽後小剛加入成為新的同伴。
隨著時間，他的實力不斷提升。在第一次參加的石英聯盟時由初賽出線至淘汰賽，於16強止步，以第1次參加聯盟大會的訓練家來說是不錯的佳績。回到真新鎮後，他為了替大木博士拿GS球而前往橘子群島，在一時興起下決定挑戰橘子聯盟，到最後奪得勝利者盃。在從橘子群島回來後，與一直以來視為勁敵的小茂首度交鋒，雙方派出自己最自豪的神奇寶貝，皮卡丘對抗伊布，一番苦戰後小智戰敗，對小茂誓言下次絕不會再輸，也決定要挑戰城都聯盟，往城都地方出發。而在城都聯盟白銀大會16強中再度與小茂對碰，6VS6全面對決，雙方都以最強的陣容來應戰，最後一戰，小智的噴火龍戰勝小茂最強的水箭龜，小智晉級。但是到了8強與來至豐緣地區的葉越交手時，葉越充滿特性的神奇寶貝使小智陷入危機，小智和葉越激戰後派出最後僅餘仍能作戰的神奇寶貝－噴火龍和火焰雞作最終對決，最後噴火龍失去戰鬥能力，小智戰敗，8強止步。
白銀大會結束後小智與必須回家的小霞和小剛告別，重回真新鎮的小智想著自己從未到過的豐緣地區，決定為了重新出發，於是只帶著皮卡丘前往豐緣地區挑戰豐緣聯盟，認識了新人訓練家小遙和其弟弟小勝，後來小剛再次加入，4人結伴並展開全新的冒險──豐緣之旅。但在豐緣聯盟彩幽大會以些微之差敗給哲也，再度於8強出局。回到關都地方之後在亞希達的建議下開始挑戰對戰開拓區，再度與為了挑戰關都地方華麗大賽的小遙，以及小剛、小勝一同旅行。而在稱霸對戰開拓區之後，他拒絕了亞希達成為開拓之腦的邀請。旅程接近尾聲，小遙與小勝為了回到豐緣地區，一行人來到港都梣木鎮，與小遙一同參加祭典活動所舉辦的神奇寶貝華麗大賽，兩人漂亮通過第一次審查，演變成兩人爭奪第一的局面，最後以共同獲勝為結局，而只有一面的梣木獎牌在兩人的默契下一分為二，各拿一半作為共同優勝的證明，在日後個別的旅程中也當作友誼與回憶的象徵來帶在身上做護身符。在送走小遙姐弟前與小勝約定，當小勝成為神奇寶貝訓練家的那一天一定與他對戰。在望著2人所乘的船遠行後，小智與小剛往家鄉的方向前進，終於到了往真新鎮與尼比市的分叉路口，小智再度與小剛道別，獨自返回真新鎮。
在回真新鎮的過程中，他遇到剛從神奧地方回來的小茂，小茂在神奧地方收服的的電擊魔獸輕易把火箭隊打飛，在回到真新鎮後2人進行對戰，小茂以電擊魔獸擊敗小智的皮卡丘，令小智感受到神奧地方這未知領域的衝擊，為展開新的旅程，小智在翌日便出發，乘船前往神奧地方。但他剛到達神奧地方就遭到火箭隊襲擊，因而與皮卡丘失散，在尋找的過程中再度遇上小剛，兩人便一同行動。搜索行動繼續，小智收服姆克兒，不久遇上正在收服姆克兒的訓練家真司，見他以神奇寶貝圖鑑鑑定神奇寶貝實力的方式與輕易野放的態度使小智感到非常不解，在挑釁後接受他的3VS3挑戰，但因小智的神奇寶貝數目不足作罷。之後結識救了皮卡丘的當地的新人訓練家小光及她的首隻神奇寶貝波加曼，事後在小光的提議下，3人結伴同行，展開神奧之旅。不過就在旅程即將開始之際，真司出現於眾人面前，再度要求與小智對戰。小智和真司的第1次戰鬥，在研究所的後院草地開始，戰鬥以賽和告終。但之後真司竟把戰勝一場的姆克兒野放，令小智十分憤怒。在真司離開後，小智、小光、小剛3人正式開始神奧之旅。
小智取得7枚神奧地方徽章後，在雷司的提議下，在睿智湖與真司作6VS6全面對決，但小智在這場大戰中陷入苦戰，最後小智慘敗。後來在小光的鼓勵下，小智重新振作。幾經辛苦，小智終於集齊8枚徽章，參與神奧聯盟，8強對上勁敵真司，彼此為自我的理念作勁敵終極決戰，經過激戰後小智終於戰勝。終於認同彼此實力的2人，道別後繼續向前邁進。在終於打破以往在城都及豐緣聯盟8強止步的宿命，也與勁敵真司了斷後，於準決賽與拓木決戰。在達克萊伊的強大實力下，戰況陷入一面倒的局面，但在小智不懈的努力下，他的蜥蜴王成功擊敗達克萊伊，逼使拓木首次在大會上拿出第2隻神奇寶貝，然而拓木派出的拉帝歐斯使小智再度陷入危機，最後以皮卡丘與拉帝歐斯同時失去戰鬥能力結束對戰，還剩4隻神奇寶貝的拓木獲勝，小智慘敗，4強出局。神奧之旅告終，小智和小光、波加曼及小剛道別，返回真新鎮。
之後，因大木博士要參加一場在伊樹地區的學術演討會，而他邀請小智與他的媽媽花子一同前往，在這機會下小智和皮卡丘前往新的大地，展開伊樹之旅。小智也結識了修提，但皮卡丘在賽克羅姆影響下無法使用電系絕招，導致小智在和修提的首次對戰落敗。其後皮卡丘恢復使用電系絕招的能力，小智和牠正式出發，途中意外結識野性少女愛莉絲及她的神奇寶貝幼牙龍，事後小智和愛莉絲結伴同行。
道館賽及聯盟賽事
石英聯盟
簡介：小智參加的第1個聯盟，需要集齊8個徽章才能參加大賽。
徽章：
EP005中，兩度負於使用岩石系神奇寶貝的尼比道館道館訓練家小剛，但由於小剛被小智感動，主動交出灰色徽章。（比賽途中使用皮卡丘和比比鳥）
EP007中，平手於使用水系神奇寶貝的華藍道館道館訓練家小霞，亦阻止火箭隊破壞道館，得到藍色徽章。（使用巴大蝴和比比鳥出戰）
EP014中，戰勝使用電系神奇寶貝的桔葉道館道館訓練家馬奇，得到橙色徽章（使用皮卡丘出戰）。
在EP022及EP024中，負於使用超能力系神奇寶貝的金黃道館道館訓練家娜姿，但得到黃金徽章（戰鬥使用皮卡丘出戰，但最終因為鬼斯通的關係而得到徽章）。
EP026中，對戰使用草系神奇寶貝的彩虹道館道館訓練家艾莉佳，但由於道館被火箭隊等人縱火，小智協助救火，因而得到彩虹徽章（比賽中使用妙蛙種子、皮卡丘及小火龍出戰）。
EP032中，戰勝使用毒系神奇寶貝的淺紅道館道館訓練家阿桔，得到粉紅徽章（使用比比鳥及小火龍出戰）。
EP057中，負於使用火系神奇寶貝的紅蓮道館道館訓練家夏伯（使用傑尼龜、皮卡丘和噴火龍出戰）。其後在ep058中，戰勝夏伯，得到深紅徽章（使用噴火龍出戰）。
EP062中，戰勝代表常磐道館的火箭隊三人組，得到綠色徽章（使用傑尼龜、妙蛙種子、比比鳥出戰）。
聯盟比賽：
初賽（第一至四回合）：
水之場地（Ep076）：戰勝多武（使用大鉗蟹出戰，中途進化成巨鉗蟹）。
岩之場地（Ep077）：使用傑尼龜等三隻神奇寶貝出戰。
冰之場地（Ep077）：使用巨鉗蟹、皮卡丘等三隻神奇寶貝出戰。
草之場地（Ep078）：戰勝薰子（使用妙蛙種子、皮卡丘及臭臭泥出戰）。
淘汰賽：
16強（Ep080）：負於好朋友阿弘（使用傑尼龜、皮卡丘及噴火龍出戰），因噴火龍中途睡覺而16強出局。
成績：16強
橘子聯盟
簡介：小智參加的第2個聯盟，需要集齊4個徽章才能參加大賽。
徽章：
EP086中，戰勝南十字星西方之星夏幹道館道館訓練家敦美，得到櫻花徽章（使用傑尼龜和乘龍出戰）。
EP094中，戰勝南十字星東方之星奈普魯道館道館訓練家小丹，得到白浪徽章（使用乘龍、皮卡丘、妙蛙種子、噴火龍、傑尼龜出戰）。
EP104中，戰勝南十字星南方之星柚子道館道館訓練家阿義，得到輪寶徽章（使用皮卡丘、妙蛙種子和傑尼龜出戰）。
EP109中，戰勝南十字星北方之星榴柑道館道館訓練家琉璃子，得到琉璃徽章（使用皮卡丘和噴火龍出戰）。
聯盟賽事：
Ep112及Ep113中，戰勝橘子聯盟首席訓練家勇次（使用皮卡丘、妙蛙種子、乘龍、傑尼龜、肯泰羅、噴火龍出戰）。
成績：奪得勝利者杯、成為南十字星橘子聯盟榮譽訓練家
城都聯盟（白銀大會）
簡介：小智參加的第3個聯盟，需要集齊8個徽章才能參加大賽。
徽章： EP132中，戰勝使用飛行系神奇寶貝的桔梗道館道館訓練家阿速，得到飛翼徽章（使用菊草葉、皮卡丘及噴火龍出戰）。
EP145中，戰勝使用蟲系神奇寶貝的檜皮道館道館訓練家阿筆，得到昆蟲徽章（使用火球鼠、皮卡丘及菊草葉出戰）。
EP159中，負於使用普通系神奇寶貝的滿金道館道館訓練家小茜，其後在Ep160中，戰勝並得到正式徽章（使用火球鼠、小鋸鱷及皮卡丘出戰）。
EP183中，戰勝使用幽靈系神奇寶貝的圓朱道館道館訓練家小松，得到魅影徽章（使用貓頭夜鷹、皮卡丘及火球鼠出戰）。
EP210中，戰勝使用格鬥系神奇寶貝的湛藍道館道館訓練家阿四，得到打擊徽章（使用皮卡丘和月桂葉出戰）。
EP225中，戰勝使用鋼系神奇寶貝的淺蔥道館道館訓練家阿蜜，得到鋼鐵徽章（使用皮卡丘和火球鼠出戰）。
EP239中，戰勝使用冰系神奇寶貝的卡吉道館道館訓練家柳伯，得到冰之徽章（使用火球鼠和皮卡丘出戰）。
EP253中，使用皮卡丘和貓頭夜鷹出戰，但途中被火箭隊擾亂而中斷。其後在ep255，使用卡比獸、皮卡丘及噴火龍，戰勝使用龍系神奇寶貝的煙墨道館道館訓練家小樁，得到升龍徽章。
聯盟比賽：
初賽：
第一回合:在Ep268中，戰勝小萌（使用傑尼龜、小鋸鱷和小小象出戰）。
第二回合:在Ep269中，戰平純一（使用皮卡丘、火球鼠和妙蛙種子出戰）。
淘汰賽：
16強：在Ep270及Ep271中，戰勝小茂（使用肯泰羅、赫拉赫羅斯、臭臭泥、月桂葉、卡比獸和噴火龍出戰），晉級8強。
8強：在Ep272及E273中，負於葉越（使用皮卡丘、小鋸鱷、卡比獸、貓頭夜鷹、月桂葉、噴火龍出戰），8強出局。
成績：8強
豐緣聯盟（彩幽大會）
簡介：小智參加的第4個聯盟，需要集齊8個徽章才能參加大賽。
徽章：
AG016中，戰勝使用岩石系神奇寶貝的卡那茲市道館道館訓練家杜娟，得到岩石徽章（使用木守宮和皮卡丘出戰）。
AG020中，使用傲骨燕、木守宮出戰，負於使用格鬥系神奇寶貝的武鬥鎮道館道館訓練家藤樹，其後在AG031中，使用木守宮和龍蝦小兵出戰，戰勝得到拳擊徽章。
AG040中，戰勝使用電系神奇寶貝的紫堇市道館道館訓練家鐵旋，得到電氣徽章（使用皮卡丘出戰，帶電狀態下一擊完勝對手3隻）。
AG056中，戰勝使用火系神奇寶貝的釜炎鎮道館道館訓練家亞莎，得到烈焰徽章（使用龍蝦小兵、木守宮和皮卡丘出戰）。
AG070中，戰勝使用普通系神奇寶貝的橙華市道館道館訓練家千里，得到天秤徽章（使用皮卡丘、煤炭龜、森林蜥蜴出戰）。
AG085中，戰勝使用飛行系神奇寶貝的茵郁市道館道館訓練家娜琪，得到白羽徽章（使用森林蜥蜴、皮卡丘和大王燕出戰）。
AG100中，戰勝使用超能力系神奇寶貝的綠嶺市道館道館訓練家楓和南，得到心靈徽章（使用皮卡丘和大王燕聯合出戰）。
AG111中，戰勝使用水系神奇寶貝的琉璃市道館道館訓練家亞當，得到雨滴徽章（使用皮卡丘、大王燕、森林蜥蜴、雪童子、龍蝦小兵出戰）。
聯盟賽事：
第1回戰：AG126，戰勝和友（使用龍蝦小兵和煤炭龜聯合出戰）。
第2回戰：AG127中，戰勝日向（使用冰鬼護和森林蜥蜴聯合出戰）。
第3回戰：AG127和AG128中，戰勝小楓（使用皮卡丘、煤炭龜、大王燕、森林蜥蜴、冰鬼護、龍蝦小兵出戰），晉級16強。
16強：在AG128和AG129中，戰勝好友政宗（同上），晉級8強。
8強：在AG130，負於哲也（同上），再度於8強出局。
成績：8強
對戰開拓區
簡介：小智在亞希達的建議下決定要稱霸對戰開拓區，而要將其稱霸，需要集齊7個開拓的象徵。
徽章：
AG136中，戰勝戰鬥工廠開拓之腦達拉（使用急凍鳥），得到知識的象徵（使用噴火龍出戰）。
AG148中，戰勝戰鬥競技場開拓之腦黃瓜香（使用超力王、恰雷姆），得到毅力的象徵（使用森林蜥蜴和卡比獸出戰）。
AG152中，戰勝戰鬥巨蛋開拓之腦希爾斯（使用風速狗+巨沼怪），得到戰術的象徵（使用大王燕和龍蝦小兵聯合出戰）。
AG158中，戰勝戰鬥蛇開拓之腦小薊（使用飯匙蛇、美納斯），得到運氣的象徵（使用頓甲和皮卡丘出戰）。
AG163中，戰勝戰鬥宮殿開拓之腦宇康（使用狡猾天狗、妙娃花、念力土偶），得到精神的象徵（使用蜥蜴王、赫拉赫羅斯和大王燕出戰）。
AG168中，戰敗於戰鬥塔開拓之腦「對戰大君」莉拉（使用胡地、巨金怪、太陽精靈），其後在AG169戰勝，得到才能的象徵（使用肯泰羅、龍蝦小兵和皮卡丘出戰）。
AG177、185和188-189中，對戰戰鬥金字塔開拓之腦「金字塔法老」神代。
‧第一戰（AG177）：負於神代（使用雷吉洛克）。（使用蜥蜴王出戰） ‧第二戰（AG185）：再次負於神代（使用雷吉斯奇魯）。（使用煤炭龜出戰） ‧第三戰（AG188-AG189）：戰勝神代（使用夜巨人、鐵面忍者、太陽岩、雷吉艾斯），得到英勇的象徵（使用噴火龍、妙娃種子、傑尼龜和皮卡丘出戰）。
成績：稱霸對戰開拓區
神奧聯盟（鈴蘭大會）
簡介：小智參加的第5個聯盟，需要集齊8個徽章才能參加。
徽章：
DP016中，慘敗於使用岩石系神奇寶貝的鋼鐵道館道館訓練家瓢太（派出頭蓋龍、大岩蛇），其後在DP018戰勝（派出大岩蛇、小拳石、戰槌龍），得到石炭徽章（使用皮卡丘、雙尾怪手、土台龜出戰）。
DP037中，戰勝使用草系神奇寶貝的百代道館道館訓練家菜種（派出櫻花寶、草苗龜、羅絲蕾朵），得到森林徽章（使用姆克鷹、土台龜、雙尾怪手出戰）。
DP067中，平手使用格鬥系神奇寶貝的帷幕道館道館訓練家阿李（派出豪力、瑪沙那、路卡利歐），得到圓石徽章（使用姆克鷹、烈焰猴、浮潛鼬出戰）。
DP082中，戰勝使用水系神奇寶貝的濕原道館道館訓練家吉憲（派出暴鯉龍、沼王、浮潛鼬），得到沼澤徽章（使用皮卡丘、土台龜、浮潛鼬出戰）。
DP101中，戰勝使用幽靈系神奇寶貝的緣之道館道館訓練家梅麗莎（派出耿鬼、夢妖魔、附和氣球），得到遺跡徽章（使用浮潛鼬、烈焰猴、皮卡丘出戰）。
DP107中，戰勝使用鋼系神奇寶貝的水脈道館道館訓練家東鋼（派出銅鏡怪、大鋼蛇、護城龍），得到礦井徽章（使用烈焰猴、浮潛鼬、天蠍王出戰）。
DP125中，戰勝使用冰系神奇寶貝的切鋒道館道館訓練家小菘（派出狃拉、恰雷姆、雪笠怪、暴雪王），得到冰河徽章（使用土台龜、姆克鷹、天蠍王、烈焰猴出戰）。
DP164中，與使用電系神奇寶貝的濱海道館道館訓練家電磁對戰（派出倫琴貓），但因停電而被迫中斷比賽（使用樹林龜出戰），道館亦要暫時關閉維修，其後在DP177戰勝使用電系神奇寶貝的濱海道館道館訓練家電磁（派出電擊魔獸、雷精靈、倫琴貓），得到電氣徽章（使用土台龜、比卡獸、烈焰猴出戰）。
聯盟賽事：
第1回戰：DP183中，戰勝尚志（小智派出姆克鷹、爆岩鼠和赫拉赫羅斯）。
第2回戰：DP184中，戰勝某女對手(小智派出卡比獸等3隻神奇寶貝)。
第3回戰：DP185中，戰勝考平（小智派出貓頭夜鷹、頓甲和烈咬陸鯊），晉級8強。
8強：DP186-188中，戰勝真司(小智派出皮卡丘、烈焰猴、姆克鷹、浮潛鼬、土台龜、天蠍王；真司派出波士可多拉、海牛獸、龍王蠍、鐵面忍者、雪妖女、電擊魔獸)，晉級4強。
4強：DP189中，慘敗於拓木(小智派出赫拉赫羅斯、煤炭龜、烈咬陸鯊、蜥蜴王、大王燕、皮卡丘；拓木派出達克萊伊及拉帝歐斯，另有4隻候命)，4強出局。
成績：4強
伊修聯盟
簡介：小智參加的第6個聯盟，需要集齊8個徽章才能參加。
徽章：
BW005、006中，戰勝使用火系、水系、草系神奇寶貝的三洋道館三位道館訓練家巴得(派出炎溫猴)、科恩(派出幼水猴)、田都(派出椰菜猴)，得到挑戰徽章（使用暖暖豬、皮卡丘和小球瀨出戰）。
華麗大賽
AG190、191中，於關都梣木鎮的慶典上舉行了非正式的比賽，第一次審查由皮卡丘出場並晉級，第二場使用蜥蜴王和小遙的火焰雞打成平手，共享梣木獎牌。此戰後與小遙告別，並成為各自的回憶，獎牌亦成為他們的護身符。
DP11、12中，因為長尾怪手對華麗大賽有興趣，所以參加神奧祝慶市華麗大賽，第一次審查晉級，但第二次審查第一輪被小望的魅力喵擊敗。這次是小智首次參加正式的華麗大賽。
DP77、78中，在米可利先生的建議下，以泳氣鼬參加了米可利盃，雖然在第一次審查通過，但在第二次審查的第二輪被海斗的電燈怪擊敗。但此戰亦完成小光構想的獨特戰法絕招「冰之噴射水柱」，其後這招多次出現，在小智的戰鬥中相當實用。
現時在隊伍中的神奇寶貝
皮卡丘
日文配音員：大谷育江
登場時期：全系列
初登場於第1話。電系，雄性，鼠神奇寶貝。皮卡丘為小智最初的神奇寶貝，也是最親密的搭檔。但在一開始，皮卡丘完全不聽從小智的命令，也非常討厭進入寶貝球中，當初小智在研究所擁著牠時更對他用電擊，小智強行用繩子跟皮卡丘綁在一起將牠拖著走，而皮卡丘也以不服從命令甚至是取笑回敬小智。直到遭烈雀攻擊，小智捨身救牠，牠終於明白小智對牠的好意，從此小智與皮卡丘成為最要好的朋友，不過因為皮卡丘還是討厭進入寶貝球中，所以牠就直接跟隨在小智身旁。個性坦率、富正義感，在群體中擔任領導與協調紛爭的角色，有時也跟小智一起變得熱血沸騰；此外因為個性不服輸而不願意進化，堅信自己不進化也能戰勝雷丘，小智也決定讓皮卡丘保持原樣。可是，皮卡丘在第2集為救小智等人和神奇寶貝中心內的神奇寶貝而利用小霞的單車產生巨大電能量把火箭隊炸飛，從那時候開始火箭隊就認定牠是擁有強豪力量的神奇寶貝而由第3集開始不斷捉拿。不知何解，除愛莉絲沒有單車之外，其餘女主角(小霞、小遙及小光)的單車都會被皮卡丘電毀。
絕招：十萬伏特、伏特攻擊、鐵尾、電光一閃。
灰豆鴿マメパト
日文配音員：西村千奈美
登場時期：BW
初登場於BW第2話。一般及飛行系，雌性，小鴿子神奇寶貝。灰豆鴿是小智在伊修地區收服的第1隻神奇寶貝，當小智想收服牠時，牠是惟一一隻沒有逃走的灰豆鴿，而且是雌性的神奇寶貝。
小球瀨ミジュマル
日文配音員：福圓美里
登場時期：BW
初登場於BW第1話。水系，雄性，海獺神奇寶貝。小球瀨原本是博士其中1隻給初學者使用的神奇寶貝，在修提選初選神奇寶貝時，因為修提選了葉藤蛇當最初的神奇寶貝，所以牠感到很失落。牠非常喜歡小智，BW第2集小智及愛莉絲危急時拔刀相助，在BW第3集正式跟隨小智。
暖暖豬ポカブ
日文配音員：水田山葵
登場時期：BW
初登場於BW第4話。火系，雄性，火豬神奇寶貝。在BW第4集正式跟隨小智。
葉藤蛇ツタージャ
日文配音員：林原惠
登場時期：BW
初登場於BW第7話。草系，雌性，草蛇神奇寶貝。在BW第7集小智4隻神奇寶貝對戰後遭小智的灰豆鴿擊敗後收服。
現寄放在大木博士研究所的神奇寶貝
在關都地區收服的神奇寶貝
妙蛙種子
日文配音員：林原惠
登場時期：無印、放送局第12、48集（主角）・AG（客串）、DP(客串)
初登場於第10話。草系神奇寶貝。在第226話轉由大木博士寄養，其後除了在AG小智有一段時間帶牠到豐緣地區遊覽外甚少出現。個性負責、擅於領導、頑固，第226話後於大木博士研究所中維持神奇寶貝間的和平。但牠偶爾也會在某些道館比賽及聯盟賽時出現，例如：白銀大會和對戰金字塔等。牠不願進化，但這亦讓牠早些學會「陽光烈焰」。
大鉗蟹→巨鉗蟹
日文配音員：愛河里花子→石塚運昇
登場時期：無印・AG・放送局第12、48集（客串）
初登場於第13話。水系神奇寶貝。收服時為發育不良。在第76話石英聯盟進行時進化成巨鉗蟹，已學得「破壞光束」等絕招。雖然沒有被任何人進行訓練，但是實力很強。另外，巨鉗蟹曾在漩渦列島賽上場，但被小霞的可達鴨打敗。巨鉗蟹原本在白銀大會亮相，但為了救某訓練者的霹靂蛋而被炸傷，其後被趕回來的傑尼龜頂替。
臭臭泥
日文配音員：石塚運昇
登場時期：無印、AG（客串）、DP(客串)・放送局第12、48集
初登場於第30話。十分喜愛大木博士，經常用其泰山壓頂絕招來玩弄別人。曾於石英聯盟及白銀大會出戰。在DP182話歸隊，協助小智參加神奧聯盟。
肯泰羅*30
日文配音員：小西克幸
登場時期：無印、AG（客串）・放送局第12、48集・
初登場於第35話。小智在野生原野區用了所有（每人限用30個）野生原野區專用的野生原野球來收服肯泰羅。曾助小智在橘子聯盟中勝出，其後亦參與白銀大會及對戰開拓區。
在橘子群島收服的神奇寶貝
卡比獸
日文配音員：小西克幸
登場時期：無印、AG（客串）、DP(客串)・放送局第12、48集・
初登場於第95話。一般系神奇寶貝。在橘子聯盟時，小智到達了果實七島，發現這裡的文旦可能將被一隻肚子極餓的卡比獸給吞噬殆盡，為了阻止卡比獸繼續吞食其他島嶼的文旦，小智曾利用許多方法阻止。最後在無計可施之下，只好打敗卡比獸而收服牠[1]。這隻卡比獸非常特別，因為它會游泳，還是游蝶泳，而速度亦很快，很敏捷，攻擊量極大，食量也很大，個性雖然溫和，但是只要遇到吃的就會奮不顧身往前衝[2]。可是寶貝球中待久了，再加上後來大木博士把卡比獸的食物改為能量方塊，令卡比獸的食量的確大幅減少(由每日吃400公斤食物改為吃一粒相等於300公斤食物的能量方塊)[3]。其攻擊力相當厲害，可惜在最後的橘子聯盟勝利者盃前沉睡不醒，令小智要用卡比獸和肯泰羅交換才能參賽[4]。後來卡比獸被寄放在大木博士研究所內。在第255話，卡比獸有打敗小樁的刺龍王，後來被暴鯉龍擊敗。在白銀大會，卡比獸打敗了小茂的風速狗與尼多后，但輸給了巨鉗螳螂。在跟葉越對戰時打敗了素利拍與大鋼蛇，但輸給了黑魯加。在成都地區，小智曾拿卡比獸來參加相撲比賽[5]，卡比獸還因為體重過重而壓壞體重計。因為看到獎品是一堆可口的神奇寶貝食物，卡比獸就奮不顧身的相撲，最後終於打贏大力鱷，獲得冠軍而高高興興的吃起神奇寶貝食物。在豐緣地區，要出發前往戰鬥領域時，小智曾回去大木博士研究所探望，也見到了卡比獸[6]。而在戰鬥領域的格鬥道場中，小智也有派卡比獸參賽[7]。在DP182話歸隊，協助小智參加神奧聯盟。
在城都地區收服的神奇寶貝
赫拉赫羅斯
日文配音員：小西克幸
登場時期：無印、AG、DP（客串）・放送局第12、48集・
初登場於第120話。喜歡吸食樹汁。曾於白銀大會對小茂一役中戰勝鴨咀火龍。在戰鬥領域的對戰宮殿中，小智有派赫拉赫羅斯參賽。在DP182話歸隊，協助小智參加神奧聯盟，並且學會了「夢話」、「破壞光線」及格鬥系絕招「集中猛擊」，實力明顯地更上一層樓。
菊草葉→月桂葉
日文配音員：金井美香
登場時期：無印、AG（客串）、DP(客串)・放送局第12、48集
初登場於第127話。草系神奇寶貝。小智所收服的第一隻雌性神奇寶貝。十分喜愛小智，作為喜歡的表現，會用絕招「泰山壓頂」壓著小智。在第200話進化成月桂葉。月桂葉一度被寄放在大木博士的研究所裡，牠無法接受事實，在研究所大肆破壞。在DP182話歸隊，協助小智參加神奧聯盟。
火球鼠→火岩鼠
日文配音員：上田祐司
登場時期：無印、AG、DP(客串)・放送局第12、48集
初登場於第142話。火系神奇寶貝。火球鼠是用作取代噴火龍的位置的。雖然牠能噴出熊熊烈火，但是因為牠的個性過於溫和，而且經常睡覺，所以牠在初時狀態不穩定，有時在作戰時打嗑，或是不能噴火，有時牠噴的火卻足以把對手燒焦。直至小智對其進行特訓，使其擦出戰鬥的火花，自此，火球鼠便成為小智的一位重要夥伴。小智一度把牠寄放在大木博士的研究所裡，牠在研究所裏學會了「火焰輪」。在DP182話歸隊，協助小智參加神奧聯盟，並在當集面對火箭隊時進化成火岩鼠，進化後學會了「火山爆發」，在DP第183話更顯示牠學會了必中的飛行系絕招「迴轉攻」。
小鋸鱷
日文配音員：西村千奈美
登場時期：無印、AG、DP（客串）・放送局第12、48集
初登場於第152話。水系神奇寶貝。個性較為好動，喜歡跳舞。小智與小霞同時用誘餌球來收服，令倆人要爭奪小鋸鱷，最後為小智收服。在DP182話歸隊，協助小智參加神奧聯盟。
貓頭夜鷹
日文配音員：上田祐司
登場時期：無印、AG（客串）、DP(客串)・放送局第12、48集
初登場於第155話。飛行系神奇寶貝。小智的貓頭夜鷹為色違，與眾不同。常參加救援行動。曾找回迷路的皮卡丘。亦曾助小智打贏道館訓練家，獲得徽章。在DP182話歸隊，協助小智參加神奧聯盟。在大木博士研究所其間習得「神通力」、「高空攻擊」、「空氣切」這些強勁絕招。
小小象→頓甲
日文配音員：林原惠→三宅健太
登場時期：無印、AG、DP(客串)・放送局第12、48集
初登場於第231話。地面系神奇寶貝。小智的小小象是由一對夫婦贈送的，並由蛋孵化出來，十分喜歡皮卡丘的電擊（小小象是地面系神奇寶貝，電擊對牠來說完全無效）。在AG第153話為了對抗火箭隊的隆隆岩機器人而進化成頓甲。在DP182話歸隊，協助小智參加神奧聯盟。
在豐緣地區收服的神奇寶貝
傲骨燕→大王燕
日文配音員：吉原ナツキ→石冢運升
登場時期：AG、DP(客串)
初登場於AG第4話。飛行系神奇寶貝。小智的傲骨燕，本是棲息於橙華森林中的傲骨燕群首領，因受到火箭隊的食物利誘而與小智對戰，最後被小智收服，也是小智在豐緣地方第一隻收服的神奇寶貝，性格相當不服輸且忍耐力極強，即使受到強烈電擊也不肯輕易倒下。在AG第80話，神奇圓環大賽與小次郎對決時進化成大王燕，因不肯服輸的強烈意志使它進化成大王燕，並奪得比賽的勝利。進化後比傲骨燕更有忍耐電擊的能力。曾參與許多重要的戰鬥，比如茵郁道館對上娜琪的大王燕，綠嶺道館跟楓與南的雙打對戰，以及彩幽大會中都有非常活躍的表現。在茵郁道館戰之後，學會了必中的飛行系絕招「迴轉攻」。使得大王燕的實力更進一步提升。去神奧地方的時候小智將它寄放在大木博士研究所。在DP189話歸隊，協助小智參加神奧聯盟，在4強對決拓木。
木守宮→森林蜥蜴→蜥蜴王
日文配音員：上田佑司
登場時期：AG、DP(客串)
初登場於AG第7話。草系神奇寶貝。小智的木守宮，本來居住於木守宮之森，因小智與其一同守護森林的樹而讓小智收服，有著相當酷的性格且不肯輕易認輸，喜歡叼著樹枝，雖為草系神奇寶貝但起初並不會草系的絕招，後來在特訓下學會了「種子機關槍」。在AG第66話與訓練家蓋伊的吼爆彈對戰時進化成森林蜥蜴。能力有更進一步的提升，並學會了絕招「刀葉斬」，在各場對戰中有相當活躍的表現，為小智的主力戰將。進化後還是一樣喜歡咬著樹枝。AG第161話，小智的森林蜥蜴為了保護自己戀愛的對象大菊花不被火箭隊抓走，挺身而出進化成蜥蜴王，但曾因為失戀的打擊而有一段時間無法使用絕招，最後在小智面對危險時找回使用絕招的手感，在AG164話學會草系絕招「陽光烈燄」。仍舊喜歡咬著樹枝。 AG第191話，小智的蜥蜴王在神奇寶貝華麗大賽梣木大會上與小遙的火焰雞打成平手，在前往神奧地區時，小智將它留在大木博士的研究所，在大木博士研究所其間習得草系絕招「葉暴風」。與小智的龍蝦小兵有一種不合的關係。在DP189話歸隊，協助小智參加神奧聯盟，在4強對決拓木，蜥蝪王擊敗達克萊伊，令小智成為首個逼使拓木派出下一隻神奇寶貝的訓練家，可惜牠仍不敵過拓木派出第2隻的神奇寶貝拉帝歐斯。
龍蝦小兵
日文配音員：小西克幸
登場時期：AG、DP(客串)
初登場於AG第23話。水系神奇寶貝。小智在武鬥島上修行時收服的神奇寶貝，性格莽撞火爆，而且喜歡惡作劇，一開始收服時並不怎麼聽小智的話，直到小智救了發燒的它之後，才開始願意聽從小智的命令，在對戰上有不錯的表現。與小智的蜥蝪王有一種不合的關係。小智前往神奧地區時將它寄放在大木博士的研究所。在DP182話歸隊，協助小智參加神奧聯盟。
煤炭龜
日文配音員：三木真一郎
登場時期：AG、DP(客串)
初登場於AG第58話。火系神奇寶貝。小智的煤炭龜，因感謝小智在鋼之谷中救了它而自願讓小智收服，個性非常容易受感動，感動時會嚎啕大哭並且噴出煙霧，在對戰上也有不錯的表現。小智前往對戰開拓區時，將它留在大木博士的研究所中。在挑戰對戰金字塔時，煤炭龜也回來協助小智參賽，並且學會火系絕招「熱風」。在DP182話歸隊，協助小智參加神奧聯盟。可惜在4強對決拓木的一戰中，被拓木的達克萊伊以惡系絕招「惡波動」一擊直接打倒。
雪童子→冰鬼護
日文配音員：伊東みやこ→小西克幸
登場時期：AG、DP(客串)
初登場於AG第108話。冰系神奇寶貝。小智在豐緣聯盟大會以前最後一個收服的神奇寶貝。 AG第122話，小智的雪童子在豐緣地區大型慶典中進化成冰鬼護，並學會了進化前一直無法控制好的「急凍光線」。在神奇寶貝豐緣聯盟彩幽大會上有著相當出色的表現，並曾打敗過自己不利屬性的噴火龍與金屬怪，在與勁敵哲也的蜥蜴王交手時打成平手`。在小智前往對戰開拓區後，便留在了大木博士的研究所。在DP182話歸隊，協助小智參加神奧聯盟。
在神奧地區收服的神奇寶貝
姆克兒→姆克鳥→姆克鷹
日文配音員：古島清孝→小西克幸（進化為姆克鷹後）
登場時期：DP
初登場於DP第2話。一般及飛行系神奇寶貝。小智在神奧地方第1隻收服的神奇寶貝。DP第13話進化成姆克鳥，學會必中的飛行系絕招「迴轉攻」，成為主力神奇寶貝。在DP66話成功使出了飛行系絕招「神鳥特攻」，並在DP第117話神奇圓環大賽與真司的烏鴉頭頭戰鬥時進化為姆克鷹，亦在該集學會了格鬥系絕招「近身打」。
草苗龜→樹林龜→土台龜
日文配音員：三木真一郎
登場時期：DP
初登場於DP第5話。草系神奇寶貝，進化後加上地面系。個性勇敢、善良，看到喜歡的人，常會咬他人表示此意。在各種對戰和道館賽有不錯的表現。小智在DP59話看到健悟的斗笠菇使用草系絕招「能源球」後，也決定要讓草苗龜學會，最後在DP65話學會。DP第99話進化成樹林龜，但喪失了牠原有的速度，經過真司的土台龜私下教導後學習了「重量級戰鬥」的方式，在DP第119話為了拯救被火箭隊抓走的雪笠怪而學會了絕招「攀登岩石」，彌補失去了的速度。在DP第164話面對火箭隊時進化成土台龜，並學會了草系絕招「葉暴風」。
小火焰猴→猛火猴→烈焰猴
日文配音員：林原惠
登場時期：DP
初登場於DP第3話。火系神奇寶貝，進化成猛火猴後加上格鬥系。小智的小火焰猴，本來為勁敵真司所擁有，真司因為看到小火焰猴被貓鼬斬圍攻時所發出的強大火焰，認為可以利用便收服了牠，並對小火焰猴進行嚴苛訓練，但小火焰猴一直發揮不出真司所想要的火焰，而且面對懼怕的貓鼬斬時也無法施展力量，真司認為牠太弱因此於DP51集將牠野放，後來小智收服了牠，並在道館賽及各場對戰中有不錯的表現，在緣之道館的對戰中，打敗了附和氣球、在水脈道館的對戰中，打敗了銅鏡怪、在切鋒道館的對戰中，打敗了雪笠怪、暴雪王、在濱海道館的對戰中，打敗了雷精靈、倫琴貓。亦在小智的鼓勵下，擊敗貓鼬斬。在DP第130話，小智和真司進行6VS6全面對戰，小火焰猴在戰鬥時進化成猛火猴，並學會了格鬥系絕招「音速拳」，但無法挽回敗局。在DP第161話，把特性「猛火」的力量轉化成進化的能量，並進化成烈焰猴，與真司約定在神奧聯盟中決戰。在DP177話真正成功發揮「猛火」。在DP第185話學會火系絕招「烈焰衝擊」。於DP第188話發揮特性「猛火」把真司僅餘的電擊魔獸打敗，成功於8強把真司淘汰出局。在跟真司對戰時打敗了波士可多拉、鐵面忍者與電擊魔獸。
泳氣鼬
日文配音員：古島清孝
登場時期：DP
初登場於DP第34話。水系神奇寶貝。在DP第54話用長尾怪手跟小光交換得到。喜歡對戰，對華麗大賽比較沒興趣，因此在小望的建議下，與小智的長尾怪手交換，成為小智的神奇寶貝，在道館賽與各場對戰中有不錯的表現，在帷幕道館與路卡利歐對戰時學會了「水波動」，有著獨特的戰法絕招「冰之噴射水柱」，原本這招為小光的構想，在小光手中時就在練習，交換到了小智手中之後，在DP第78話於米可利盃的對戰中小智把此絕招練成，在小智後期的許多戰鬥中相當實用。在DP第157話學會了冰系絕招「急凍拳」。
天蠍→天蠍王
日文配音員：小西克幸
登場時期：DP
初登場於DP第63話。地面及飛行系神奇寶貝。喜歡撲到小智身上，曾因被真司的天蠍王使出「剪刀斷頭台」重擊而懼怕戰鬥。在DP第84話，小智的天蠍進化成天蠍王，進化後還是喜歡撲到小智身上。在DP第105話，小智的天蠍王學會了火系絕招「火牙」，並在水脈道館的對戰中有相當出色的表現，在DP第152話學會了絕招「超極衝擊」，並在該集轉讓給空中戰鬥大師受訓，期間學會了岩石系絕招「尖石攻擊」。在DP第185話歸隊，和其他神奧同伴與真司進行終極對決，於DP第188話把真司的猛將龍王蠍打敗，顯示訓練的成果。
圓陸鯊
日文配音員：阪口大助
登場時期：DP
初登場於DP第154話。地面及龍系神奇寶貝。在DP第154話因看到龍婆婆七夕青鳥的優秀表現所以想學習「天龍流星」，因此小智和這隻野生的圓陸鯊進行特訓──學習「天龍流星」，並在DP第155話收服。個性有點呆滯。很喜歡啃咬小智的頭。不知何解，每次使出未練成的「天龍流星」時一定擊中小光的波加曼，但正是這樣，令牠在DP第162話中，利用「天龍流星」找到失蹤的波加曼（形似彈道導彈）。於DP第185話練成最強的龍系絕招「天龍流星」並打敗考平的壺壺和夜黑魔人。
訓練中的神奇寶貝
小火龍→火恐龍→噴火龍
日文配音員：三木真一郎
登場時期：無印、AG（客串）
初登場於第11話。火系神奇寶貝，進化成噴火龍後加上飛行系。小智的小火龍因為太弱而遭原主人拋棄在森林中，後來被小智收服。在第43話進化成火恐龍，進化後個性大變。在第46話進化成噴火龍。一度因為他瞧不起小智而不聽主人的話，最後被小智的真誠感動。在城都聯盟時，在第134話小智把噴火龍留在「噴火龍山谷」受訓，並學會了技能「重擊」和「鋼翼」，但噴火龍偶爾也會在某些道館比賽及聯盟賽時出現，例如：城都聯盟煙墨道館快龍暴走事件、白銀大會、對戰開拓區的對戰工廠和對戰金字塔等。而牠出現在小智面前時會立刻做的是向小智噴火，成為特色。現在噴火龍正在與噴火龍山谷的掌舵人紀坷小噴火龍莉莎拍拖。
傑尼龜
日文配音員：愛河里花子
登場時期：無印・AG（客串）
初登場於第12話。水系神奇寶貝。小智的傑尼龜曾為壞蛋組織──傑尼龜隊的隊長，最後從良，且在橘子群島時學會了水砲。在第148話跟君莎小姐和傑尼龜隊的隊員一起加入消防隊。其後曾多次回來協助小智參賽。
曾經擁有的神奇寶貝
綠毛蟲→鐵甲蛹→巴大蝴
日文配音員：愛河里花子
登場時期：無印
初登場於第2話。蟲系神奇寶貝，進化成巴大蝴後加上飛行系。小智第一隻收服的神奇寶貝，第3話成功收服。進化速度十分迅速，在當話戰勝火箭隊後進化成鐵甲蛹，在第4話進化成巴大蝴。在第15話曾經與拉達交換，但小智後悔，再一次交換回來。第21話是巴大蝴的交配的季節，巴大蝴跟粉紅色的巴大蝴交配，並與小智告別。
比比鳥→比鵰
日文配音員：林原惠
登場時期：無印
初登場於第3話。一般及飛行系神奇寶貝。在第82話為了保護樹林內的神奇寶貝進化成比鵰，過後小智把比鵰留在樹林保護其他神奇寶貝。
拉達
日文配音員：不明
登場時期：無印
初登場於第15話。在當話曾經與巴大蝴交換得到，但小智後悔，再一次交換回去。
鬼斯通
日文配音員：森川智之
登場時期：無印
初登場於第23話。幽靈系神奇寶貝。不算是小智正式持有，在第24話轉讓給金黃市道館館主。
猴怪→火爆猴
日文配音員：大竹宏
登場時期：無印
初登場於第25話。喜觀搶走小智的帽。在當話猴怪因為被小智們刺激進化成火爆猴，最後被小智收服。第29話轉讓給神奇寶貝格鬥訓練家。
乘龍
日文配音員：愛河里花子
登場時期：無印
初登場於第85話。水及冰系神奇寶貝。小智為了幫乘龍找回同伴，一邊騎著他，一邊幫他找同伴。在第114話他看到同伴有事出手相助，最後回到乘龍群（即同伴）。第258話再次出場，現在已成為乘龍隊的隊長。
大針蜂
日文配音員：坂口候一
登場時期：無印
初登場於第162話。當集轉讓給奈奈。
由基拉
日文配音員：伊東みやこ
登場時期：無印
初登場於第259話。不算是小智正式持有的。在蛋的時期，被盜獵者強迫和母親（班吉拉）分開，遭遇到許多悲慘的事，所以從出生開始就是不對他人打開心扉的狀態，雖然因為小智拚命的照顧由基拉所以跟他很親近，但是完全不信任人類的關係，因此見到小智以外的人還是很生硬。剛生出來的時候小智還可以背著他。由於由基拉看出去的世界都是黑白的，小霞和小剛靠近的話就會大聲哭泣。在之後碰到了未知圖騰所以對小霞和小剛打開心扉，不過碰到其他人還是會僵硬。第265話回到故鄉後，母親解決掉盜獵者的元凶，現在跟母親很幸福的生活在一起。
長尾怪手→雙尾怪手
日文配音員：伊東みやこ
登場時期：AG、DP
初登場於AG第178話。一般系神奇寶貝，但能使用格鬥系絕招「集中猛擊」。小智第二隻雌性神奇寶貝，和火爆猴一樣，喜歡對小智搞惡作劇，搶走他的帽子，在AG第181話時看了小遙與小瞬在華麗大型慶典中的戰鬥後便與小智要求對戰，之後被小智在多人圍觀的情況下收服。小智去神奧地方的時候牠偷偷跟來，小智只好帶著牠一起旅行。對華麗大賽似乎比較有興趣，在DP第11話時表達想要參加華麗大賽，所以小智帶它參加祝慶大會，在第二次審查時敗給小望。而DP第54話時在小望的提議下與小光的泳氣鼬交換。交換過後，牠在DP第59集學會絕招「雙重攻擊」，並進化成雙尾怪手，然後正式加入小光的華麗大賽行列。
神奇寶貝所有主題曲
神奇寶貝 第一部片段
一開始的皮卡丘好可愛>///<
還是小霞、小剛、小智的組合最好
8分12秒小霞的腳踏車用壞
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